SCO được hình thành theo sáng kiến của Bắc Kinh với nhiệm vụ ban đầu là giải quyết những vấn đề biên giới giữa Trung Quốc với các nước láng giềng thuộc Liên Xô (cũ) gồm Nga, Kazakhstan, Kyrgyzstan, Tajikistan. Chính thức được thành lập sau khi kết nạp thêm Uzbekistan, SCO có thêm nhiệm vụ mới là chống ma túy, chủ nghĩa khủng bố và ly khai trong khu vực. Vào năm 2003, SCO còn hoạt động nhằm hỗ trợ và tăng cường hợp tác kinh tế giữa các nước thành viên. Năm 2005, thông qua việc cấp "Quy chế quan sát viên " cho các nước gồm Ấn Độ, Pakistan, Iran và Mông Cổ, SCO đã mở rộng được ảnh hưởng của mình không chỉ ở Trung Á mà còn cả ở các nước Nam Á. Cuối tháng 2/2015, cuộc gặp tại Bắc Kinh, Trung Quốc chấp thuận đề xuất của Nga, kết nạp Ấn Độ vào Tổ chức Hợp tác Thượng Hải (SCO).